MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydophila caviae GPIC chromosome

Total Repeats: 24952

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003361	TA	3	6	1	6	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003361	TGG	2	6	121	126	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839770
3	NC_003361	TTA	2	6	138	143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839770
4	NC_003361	AAGG	2	8	174	181	50 %	0 %	50 %	0 %	29839770
5	NC_003361	GAA	2	6	182	187	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839770
6	NC_003361	CTT	2	6	240	245	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
7	NC_003361	TTC	2	6	341	346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
8	NC_003361	A	6	6	387	392	100 %	0 %	0 %	0 %	29839770
9	NC_003361	TG	4	8	406	413	0 %	50 %	50 %	0 %	29839770
10	NC_003361	ATG	2	6	454	459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
11	NC_003361	TAT	2	6	461	466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839770
12	NC_003361	ATG	2	6	487	492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
13	NC_003361	ATG	2	6	567	572	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
14	NC_003361	TTCT	2	8	634	641	0 %	75 %	0 %	25 %	29839770
15	NC_003361	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
16	NC_003361	CT	3	6	664	669	0 %	50 %	0 %	50 %	29839770
17	NC_003361	TGA	2	6	802	807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839770
18	NC_003361	AGC	2	6	872	877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839770
19	NC_003361	GTG	2	6	889	894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839770
20	NC_003361	GATGG	2	10	923	932	20 %	20 %	60 %	0 %	29839770
21	NC_003361	ATT	2	6	996	1001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839770
22	NC_003361	TTC	2	6	1037	1042	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839770
23	NC_003361	TTC	2	6	1054	1059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_003361	GAA	2	6	1060	1065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003361	TTTC	2	8	1106	1113	0 %	75 %	0 %	25 %	29839771
26	NC_003361	ATG	2	6	1318	1323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839771
27	NC_003361	GT	3	6	1366	1371	0 %	50 %	50 %	0 %	29839771
28	NC_003361	AGGT	2	8	1393	1400	25 %	25 %	50 %	0 %	29839771
29	NC_003361	GGTT	2	8	1410	1417	0 %	50 %	50 %	0 %	29839771
30	NC_003361	TC	3	6	1489	1494	0 %	50 %	0 %	50 %	29839771
31	NC_003361	AAGG	2	8	1505	1512	50 %	0 %	50 %	0 %	29839771
32	NC_003361	GAG	2	6	1570	1575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839771
33	NC_003361	TGG	2	6	1616	1621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839771
34	NC_003361	TAACG	2	10	1625	1634	40 %	20 %	20 %	20 %	29839771
35	NC_003361	GAT	2	6	1642	1647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839771
36	NC_003361	TTC	2	6	1691	1696	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
37	NC_003361	CTT	2	6	1727	1732	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
38	NC_003361	TA	3	6	1779	1784	50 %	50 %	0 %	0 %	29839771
39	NC_003361	CTT	2	6	1958	1963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
40	NC_003361	GAA	2	6	1969	1974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839771
41	NC_003361	GTT	2	6	1985	1990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839771
42	NC_003361	TAAA	2	8	2090	2097	75 %	25 %	0 %	0 %	29839771
43	NC_003361	CTT	2	6	2108	2113	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839771
44	NC_003361	T	7	7	2192	2198	0 %	100 %	0 %	0 %	29839771
45	NC_003361	CAT	2	6	2327	2332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839771
46	NC_003361	AGAT	2	8	2445	2452	50 %	25 %	25 %	0 %	29839771
47	NC_003361	T	8	8	2518	2525	0 %	100 %	0 %	0 %	29839772
48	NC_003361	T	8	8	2530	2537	0 %	100 %	0 %	0 %	29839772
49	NC_003361	TCC	2	6	2586	2591	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29839772
50	NC_003361	T	6	6	2631	2636	0 %	100 %	0 %	0 %	29839772
51	NC_003361	GAA	2	6	2650	2655	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839772
52	NC_003361	TTC	2	6	2679	2684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839772
53	NC_003361	ATT	2	6	2703	2708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839772
54	NC_003361	TGTT	2	8	2742	2749	0 %	75 %	25 %	0 %	29839772
55	NC_003361	T	6	6	2786	2791	0 %	100 %	0 %	0 %	29839772
56	NC_003361	T	6	6	2798	2803	0 %	100 %	0 %	0 %	29839772
57	NC_003361	AGA	2	6	2835	2840	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839772
58	NC_003361	GAA	2	6	2845	2850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839772
59	NC_003361	TAT	2	6	2873	2878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839772
60	NC_003361	AGTA	2	8	2883	2890	50 %	25 %	25 %	0 %	29839772
61	NC_003361	TAT	2	6	2907	2912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839772
62	NC_003361	T	6	6	2912	2917	0 %	100 %	0 %	0 %	29839772
63	NC_003361	TAT	2	6	2959	2964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003361	ATT	3	9	2974	2982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003361	TTGTG	2	10	2983	2992	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003361	T	6	6	3002	3007	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003361	AGC	2	6	3088	3093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839773
68	NC_003361	GAA	2	6	3117	3122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839773
69	NC_003361	TTTG	2	8	3200	3207	0 %	75 %	25 %	0 %	29839773
70	NC_003361	GAAAA	2	10	3256	3265	80 %	0 %	20 %	0 %	29839773
71	NC_003361	TTC	2	6	3274	3279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
72	NC_003361	GTT	2	6	3390	3395	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839773
73	NC_003361	GGGTG	2	10	3489	3498	0 %	20 %	80 %	0 %	29839773
74	NC_003361	CAA	2	6	3528	3533	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839773
75	NC_003361	ATG	2	6	3561	3566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839773
76	NC_003361	T	6	6	3626	3631	0 %	100 %	0 %	0 %	29839773
77	NC_003361	CTT	2	6	3705	3710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
78	NC_003361	TGG	2	6	3792	3797	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839773
79	NC_003361	CAA	2	6	3802	3807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839773
80	NC_003361	A	8	8	3819	3826	100 %	0 %	0 %	0 %	29839773
81	NC_003361	AAC	2	6	3836	3841	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839773
82	NC_003361	ATT	2	6	3859	3864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839773
83	NC_003361	TAA	2	6	3892	3897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839773
84	NC_003361	CT	3	6	3915	3920	0 %	50 %	0 %	50 %	29839773
85	NC_003361	TTG	2	6	3946	3951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839773
86	NC_003361	TAC	2	6	4078	4083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839773
87	NC_003361	T	6	6	4091	4096	0 %	100 %	0 %	0 %	29839773
88	NC_003361	CT	3	6	4136	4141	0 %	50 %	0 %	50 %	29839773
89	NC_003361	TCTT	2	8	4258	4265	0 %	75 %	0 %	25 %	29839773
90	NC_003361	AG	3	6	4287	4292	50 %	0 %	50 %	0 %	29839773
91	NC_003361	A	7	7	4332	4338	100 %	0 %	0 %	0 %	29839773
92	NC_003361	A	6	6	4344	4349	100 %	0 %	0 %	0 %	29839773
93	NC_003361	CTT	2	6	4350	4355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
94	NC_003361	GAT	2	6	4373	4378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839773
95	NC_003361	GAT	2	6	4425	4430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839773
96	NC_003361	AGAA	2	8	4519	4526	75 %	0 %	25 %	0 %	29839773
97	NC_003361	CTG	2	6	4626	4631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839773
98	NC_003361	CCA	2	6	4633	4638	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29839773
99	NC_003361	TCT	2	6	4653	4658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839773
100	NC_003361	GAA	2	6	4709	4714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839773
101	NC_003361	TGT	3	9	4721	4729	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839773
102	NC_003361	AAG	2	6	4909	4914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839773
103	NC_003361	GTTGGT	2	12	4986	4997	0 %	50 %	50 %	0 %	29839773
104	NC_003361	TTA	2	6	5032	5037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839773
105	NC_003361	TTCT	2	8	5083	5090	0 %	75 %	0 %	25 %	29839773
106	NC_003361	GAAA	2	8	5155	5162	75 %	0 %	25 %	0 %	29839773
107	NC_003361	AAT	2	6	5197	5202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839773
108	NC_003361	CAA	2	6	5242	5247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_003361	TTG	2	6	5253	5258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003361	AATC	2	8	5318	5325	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_003361	TGT	2	6	5328	5333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003361	T	6	6	5358	5363	0 %	100 %	0 %	0 %	29839774
113	NC_003361	CAAT	2	8	5364	5371	50 %	25 %	0 %	25 %	29839774
114	NC_003361	AGA	2	6	5421	5426	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
115	NC_003361	TGG	2	6	5487	5492	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839774
116	NC_003361	T	7	7	5522	5528	0 %	100 %	0 %	0 %	29839774
117	NC_003361	AGA	2	6	5529	5534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
118	NC_003361	TCT	2	6	5572	5577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
119	NC_003361	TGT	2	6	5628	5633	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839774
120	NC_003361	T	6	6	5684	5689	0 %	100 %	0 %	0 %	29839774
121	NC_003361	CAA	2	6	5761	5766	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839774
122	NC_003361	TTA	2	6	5790	5795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839774
123	NC_003361	TGA	2	6	5823	5828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839774
124	NC_003361	A	6	6	5856	5861	100 %	0 %	0 %	0 %	29839774
125	NC_003361	GTT	2	6	5882	5887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839774
126	NC_003361	CTT	2	6	5962	5967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
127	NC_003361	T	6	6	5971	5976	0 %	100 %	0 %	0 %	29839774
128	NC_003361	AGA	2	6	6012	6017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
129	NC_003361	AGC	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839774
130	NC_003361	GA	3	6	6101	6106	50 %	0 %	50 %	0 %	29839774
131	NC_003361	TTC	2	6	6195	6200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
132	NC_003361	CCT	2	6	6202	6207	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	29839774
133	NC_003361	CTT	2	6	6248	6253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839774
134	NC_003361	GAA	2	6	6255	6260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839774
135	NC_003361	T	6	6	6382	6387	0 %	100 %	0 %	0 %	29839774
136	NC_003361	ACG	2	6	6448	6453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839774
137	NC_003361	TC	3	6	6506	6511	0 %	50 %	0 %	50 %	29839774
138	NC_003361	TTC	2	6	6565	6570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_003361	TGTTTT	2	12	6637	6648	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_003361	TTTTA	2	10	6674	6683	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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142	NC_003361	CAA	2	6	6777	6782	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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391	NC_003361	TGT	2	6	19784	19789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839782
392	NC_003361	A	7	7	19886	19892	100 %	0 %	0 %	0 %	29839782
393	NC_003361	TAC	2	6	20003	20008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839782
394	NC_003361	T	6	6	20081	20086	0 %	100 %	0 %	0 %	29839782
395	NC_003361	T	6	6	20111	20116	0 %	100 %	0 %	0 %	29839782
396	NC_003361	AGA	2	6	20144	20149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839782
397	NC_003361	TCA	2	6	20208	20213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839782
398	NC_003361	GTT	2	6	20241	20246	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
399	NC_003361	TCC	2	6	20247	20252	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
400	NC_003361	TCT	2	6	20306	20311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
401	NC_003361	AAT	2	6	20319	20324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_003361	A	6	6	20349	20354	100 %	0 %	0 %	0 %	29839783
403	NC_003361	GAT	2	6	20469	20474	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839783
404	NC_003361	GGA	2	6	20523	20528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839783
405	NC_003361	AGA	2	6	20576	20581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839783
406	NC_003361	ACC	2	6	20591	20596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29839783
407	NC_003361	CCAG	2	8	20600	20607	25 %	0 %	25 %	50 %	29839783
408	NC_003361	GGC	2	6	20708	20713	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	29839783
409	NC_003361	GCT	2	6	20736	20741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839783
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411	NC_003361	TC	3	6	20909	20914	0 %	50 %	0 %	50 %	29839783
412	NC_003361	TCAT	2	8	20938	20945	25 %	50 %	0 %	25 %	29839783
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423	NC_003361	A	6	6	21177	21182	100 %	0 %	0 %	0 %	29839783
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432	NC_003361	TAA	2	6	21623	21628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_003361	T	9	9	21671	21679	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
434	NC_003361	T	8	8	21711	21718	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
435	NC_003361	ATT	2	6	21719	21724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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